A Unidade Muller e Ciencia créase por Decreto 33/2007, do 1 de marzo (DOG 56 do 20 de marzo de 2007) á iniciativa do Vicepresidente da Igualdade e do Benestar, da conselleira de Educación e Ordenación Universitaria e do conselleiro de Innovación e Industria e a proposta do conselleiro de Presidencia, Administracións Públicas e Xustiza, logo da deliberación do Consello da Xunta de Galicia na súa reunión do día un de marzo de dous mil sete.
Posteriormente modifícase a estrutura orgánica dos órganos superiores dependentes da Presidencia da Xunta de Galicia, configurando a Secretaría Xeral de Modernización e Innovación Tecnolóxica como órgano superior da Administración autonómica, con ámbito de actuación en todas as consellerías, organismos delas dependentes, centros, servizos e unidades, así como sobre os entes e empresas públicas da Administración da comunidade autónoma, a quen lle corresponde o impulso, asesoramento técnico e apoio en materia de tecnoloxías da información e as comunicacións e a súa aplicación para a modernización, innovación e desenvolvemento tecnolóxico de Galicia. Tendo en conta o papel relevante que xogan as novas tecnoloxías da información e comunicación na sociedade actual e a conveniencia da introdución da perspectiva de xénero neste ámbito para os fins que persegue a Unidade Muller e Ciencia de Galicia, resulta necesario efectuar unha modificación do Decreto 33/2007, do 1 de marzo, polo que se crea a dita unidade, co obxecto de garantir a participación da Secretaría Xeral de Modernización e Innovación Tecnolóxica neste órgano. Con data 22 de xuño de 2010 publícase o Decreto 97/2010, do 10 de xuño, polo que se modifica o Decreto 33/2007, do 1 de marzo, polo que se crea a Unidade de Muller e Ciencia de Galicia.
